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Isomorphic Labs

Isomorphic Labs 是从 DeepMind 分出的 AI 药物研发公司,自称起点为 2021 年,开发 IsoDDE 平台,并与诺华、礼来、强生等药企合作。

用 AlphaFold 实现高精度蛋白质结构预测

Nature 论文介绍了 AlphaFold 用于蛋白质结构预测的方法、系统设计和评估。

RoseTTAFold

RoseTTAFold 是贝克实验室 2021 年发表的三轨神经网络蛋白质结构预测方法,在 CASP14 上精度接近 AlphaFold2,能仅凭序列预测蛋白质复合物,代码公开并配有公共服务器。

AlphaFold 3

AlphaFold 3 是 DeepMind 于 2024 年 5 月发布的结构预测模型,可预测蛋白质、DNA、RNA、配体等分子的结构与相互作用。[^1]

Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold 3

AlphaFold 3 于2024年5月发表于《自然》,把结构预测扩展到生物分子相互作用,在蛋白质—配体结合上准确率高于对接工具,抗体—抗原预测高于 AlphaFold-Multimer v.2.3。

ESM3

ESM3 是 EvolutionaryScale 于 2024 年 6 月发布的蛋白质生成模型,能同时依据序列、结构和功能进行推理,并生成了与已知荧光蛋白相距约 5 亿年演化距离的新蛋白。

MYCIN 专家系统

MYCIN 是 20 世纪 70 年代在斯坦福大学开发的早期专家系统,用于判断造成严重感染的细菌并推荐抗生素治疗,以规则库与推理机分离、能解释自身推理而著称。

戴维·贝克(David Baker)

西雅图华盛顿大学的蛋白质科学家,以计算蛋白质设计闻名:2003年用计算方法设计出与自然界已知蛋白质都不相同的新蛋白质,并因此获得2024年诺贝尔化学奖的一半。

塞普·霍赫赖特(Sepp Hochreiter)

德国计算机科学家,与施密德胡伯合作提出了长短期记忆网络(LSTM),用于学习序列数据。他也领导了2024年的xLSTM研究。

戴密斯·哈萨比斯

戴密斯·哈萨比斯(Demis Hassabis)是英国 AI 研究者和创业者,DeepMind 联合创始人。他于 2024 年与人共享诺贝尔化学奖,表彰蛋白质结构预测方面的工作。

约翰·江珀(John Jumper)

美国科学家,1985 年生,在 Google DeepMind 参与开发 AlphaFold,因蛋白质结构预测与德米斯·哈萨比斯共同分享 2024 年诺贝尔化学奖的一半。

布罗德研究所

布罗德研究所是位于马萨诸塞州剑桥市的独立非营利研究机构,2004年在 Eli 与 Edythe Broad 的资助下成立,致力于弄清疾病的根源,并把生物学上的发现转化为对患者的影响。

蛋白质设计研究所

这是华盛顿大学的一家研究机构,2012 年成立,由 David Baker 领导,设计用于医学和技术的新蛋白质;其实验室产出了 RoseTTAFold,并称做出世界首个计算设计的疫苗。

Recursion

Recursion 是一家把自动化实验与计算结合的药物发现公司,平台 Recursion OS 覆盖从靶点识别到临床试验入组。公司 2021 年在纳斯达克上市。

英矽智能

英矽智能是一家 2014 年在美国成立的药物研发公司,把 AI 软件平台 Pharma.AI 与自研药物管线和自动化实验室结合起来。

傅利叶

傅利叶是一家 2015 年成立、总部位于上海的机器人公司,由顾捷创办。它从康复机器人起步,2023 至 2025 年连续发布并量产 GR-1、GR-2、GR-3 三代全尺寸人形机器人。

《U-Net:用于生物医学图像分割的卷积网络》

2015 年 5 月提交到 arXiv 的生物医学图像分割卷积网络,能用极少的标注图像端到端训练,并在 ISBI 细胞追踪挑战赛 2015 的各个类别中夺冠。

AlphaFold(第一代)

DeepMind 研发的第一代蛋白质结构预测系统,2018 年在 CASP13 盲测中综合排名第一,做法是估计残基间距离的概率分布,而不只依赖接触图。

深脉分数(DVFFR)

深脉分数(DVFFR)是一套用深度学习分析冠状动脉 CT 血管造影、计算血流储备的软件,用来判断狭窄是否会引起心肌缺血,已在中国、欧盟和美国取得医疗器械批准。

AlphaFold2

AlphaFold2 是 DeepMind 于 2020 年公布的蛋白质结构预测系统,在多数情况下达到与实验结构相当的精度;相关领域的工作获得 2024 年诺贝尔化学奖的一半奖项。

百川智能

百川智能是一家总部位于北京的 AI 公司,2023 年 4 月由王小川创立。公司自 2023 年起发布开源语言模型,2025 年起把重心转向 AI 医疗应用。

EvolutionaryScale

一家以「理解生物学」为使命的公益型 AI 公司,2024 年 6 月随模型 ESM3 一同亮相,2025 年 11 月其团队加入 Biohub。

傅利叶 GR-3

GR-3 是傅利叶 GRx 系列的第三代产品,也是该公司第一款以交互陪伴为核心的医疗与康养机器人。它在 WAIC 2025 首次公开亮相,并于 2025 年 8 月 6 日在北京正式发布。

Jakob Uszkoreit

Jakob Uszkoreit 是《Attention Is All You Need》的八位作者之一,也是 Inceptive 的创始人;该公司致力于用人工智能设计生物分子。[^1][^4]

霍华德·休斯医学研究所

霍华德·休斯医学研究所是1953年成立的私立生物医学研究机构,资助各职业阶段的科学家,并运营贾内利亚研究园区。

王小川

中国计算机科学家、企业家,打造了搜狗搜索与搜狗输入法,带领搜狗在纽交所上市,后来又创办人工智能公司百川。

科亚医疗(科亚方舟)

中国医疗人工智能公司,2016 年成立,专注把大数据与人工智能用于冠心病的诊断和治疗,自称持有中国首张人工智能医疗器械三类证。

Med-PaLM 与 Med-PaLM 2

2022 年 12 月与 2023 年 5 月两篇 arXiv 论文提出的医学问答语言模型,第一篇同时提出 MultiMedQA 基准,Med-PaLM 2 在 MedQA 上最高达到 86.5%。

Baichuan 3

Baichuan 3 是百川智能 2024 年 1 月 29 日发布的闭源大语言模型,参数规模超过一千亿。官方称其在中文基准与中文医疗任务上超过或接近 GPT-4,主打中文与医疗能力。

Baichuan-M1 医疗大模型

Baichuan-M1 是百川智能的医疗大模型系列,2025年1月24日发布 Baichuan-M1-preview,并开源 Baichuan-M1-14B。公司称后者从零开始为医疗场景训练。

Baichuan-M2 医疗大模型

Baichuan-M2 是百川智能开源的医疗增强大模型,参数规模为 32B,基于 Qwen2.5-32B 构建,采用 Apache 2.0 许可证,供研究与参考使用。

Baichuan-M3 医疗大模型

Baichuan-M3 是百川智能的新一代开源医疗增强语言模型,参数为 235B,基于 Qwen3-235B-A22B 构建,采用 Apache 2.0 许可证,2026年1月发布。

Exscientia

一家以计算化分子设计为重点的 AI 制药公司,在伦敦和牛津设有站点;2024 年 11 月成为 Recursion 的全资子公司,合并后管线含 10 多个临床与临床前项目。

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